Pārbūves projektu sponsorēja spāņi Cruz y Ortiz, izstādi veidoja Jean-Michel Wilmotte, bet restaurāciju veica Van Hoogevest Architecten. Arhitektu uzdevums bija pielāgot lielo ēku eklektikas galvenajā virzienā, kuru 1885. gadā uzcēla Petruss (Pjērs) Kuipers, 21. gadsimta muzeja vajadzībām. Sulīgs interjers novērsa uzmanību no eksponātiem, nepietika vietas gan izstādēm, gan pavadošajai programmai, nebija iespējams sakārtot pastāvīgo ekspozīciju pēc vienotas sistēmas utt.
Tagad visi eksponāti no 12. līdz 20. gadsimtam ir sakārtoti stingrā hronoloģiskā secībā pa grīdām no apakšas uz augšu, un hronoloģiju atbalsta krāsu shēma: krāsa uz sienām pakāpeniski gaišo, virzoties uz augšu, sasniedzot gandrīz balts modernās mākslas zālēs. Tajā pašā laikā visi darbi tika sakārtoti jaunā veidā, izņemot vissvarīgāko - Rembranta "Nakts sardzi", kas atgriezās savā bijušajā vietā "Goda galerijā", kur Golden Izstādīti holandiešu mākslas laikmeti.
Arhitekti saskaņā ar jau izveidoto shēmu muzeju būvniecībā bloķēja divus ēkas pagalmus ar stikla jumtiem, kā arī padziļināja tos līdz -1 stāva līmenim, iepriekš noņemot vēlākos piebūves, kas viņus okupēja. Tad zem viena pagalma viņi novietoja auditoriju, bet otrā - muzeja veikalu un kafejnīcu. Paši pagalmi ir pārvērtušies par plašām sabiedriskām telpām, kurām var piekļūt pat bez biļetes iegādes. Viņu sienas veido muzeja pagalma fasādes, un jaunās virsmas ir pārklātas ar gaišas krāsas akmeni. Antonio Krūzs un Antonio Ortizs ņēma vērā Normana Fostera kļūdu, kura Britu muzeja pagalmā jebkura skaņa ir skaidri dzirdama un pat atbalsojas, tāpēc Rijksmuseum muzejā trokšņus apslāpē baltas restes ar skaņu absorbējošu materiālu, kas piekārts pie griestiem..
Bet galvenā arhitektu problēma bija abu pagalmu apvienošana vienā veselumā. Vēsturiskajai ēkai fasādes centrā ir gājēju un velosipēdistu koridors, kas ļauj ātri iziet cauri ēkai. Rekonstrukcijas projektā bija paredzēts to pārvērst par galveno ieeju muzejā, apvienojot abus pagalmus, taču pilsētnieki sacēlās, un tagad koridors ir saglabāts sākotnējā formā, muzejam var piekļūt caur četrām nelielām ieejām, un tika ierīkota pazemes eja. zem tā, savienojot pagalmus savā starpā.
Muzejs tika slēgts rekonstrukcijai 2003. gadā un to plānots atvērt jau 2008. gadā. Desmit gadu darba periods ir izskaidrojams ar to, ka bija jāpieliek titāniski pūliņi, lai Amsterdamas ūdens piepildītajā augsnē uzceltu pazemes līmeni tik sarežģītam projektam nebija neviena darbuzņēmēja. Arcadis inženieri padarīja ēkas jaunās pazemes daļas strukturāli neatkarīgas no vēsturiskās struktūras, jo tā lēnām norimst. Tāpēc zemes koridors un "Goda galerija", kas atrodas virs pazemes ejas starp pagalmiem, tagad ir pārveidoti par "tiltu", kas karājas pār to. Izraktās bedres nekavējoties piepildīja ar ūdeni, tāpēc tās tika izlietas ar īpašu betonu zemūdens darbiem, un procesu kontrolēja nirēji.
Projekta budžets bija 375 miljoni eiro, taču tajā ietilpst arī atsevišķa Āzijas mākslas paviljona būvniecība, kas novietots dīķa centrā, parka pielāgošana skulptūru dārzam, ko veic Copijn Landschapsarchitecten projekts (14 500 m2)., dienesta ieejas ēkas celtniecība, vēsturiskās zīmēšanas skolas (Teekenschool) kā muzeja izglītības centra rekonstrukcija, kā arī muzeja darbnīcu ēkas būvniecība netālu no Rijksmuseum apvienojās ar citu Kuypers ēku - bijušo institūtu Darba drošība un veselības aizsardzība.
Bet muzeja atjaunošana vēl nav pabeigta: tas palika atvērts visu rekonstrukcijas laiku
Philips spārns tagad tiks pārveidots par modernu pagaidu izstāžu telpu. Projekta autori ir arī Krūzs un Ortizs.
