Bagātīgā kompleksa arhitektūras vēsture sākās ar pirmās muzeja ēkas pabeigšanu, ko 1939. gadā uzcēla Filips L. Gudvins un Edvards Durels Stouns, un uzreiz kļuva skaidrs, ka vietas nav pietiekami daudz. Filips Džonsons MOMA uzcēla divas papildu ēkas - 1951. gadā (tagad nojauktas) un 1964. gadā. Sezars Pelli kompleksam pievienoja izstāžu telpas, kā arī 52 stāvu "Muzeja torņa" dzīvojamo kompleksu.
Taniguchi, kurš kopā ar Kon Pedersen Fox biroju strādāja pie rekonstrukcijas projekta, centās saglabāt visas iepriekšējās pārstrukturēšanas pēdas, izceļot tajās negaidītus leņķus.
Neskatoties uz to, ka 20. gadsimts ir beidzies, un ilgu laiku vismodernākā māksla ir izstādīta Gugenheima muzejā, arhitekts nepiešķīra ēkai intensīvu uzmanību nākotnei. Gluži pretēji, uzsvērtais sienu lineārums un gludās virsmas nodod šīs vēsturiskās pieredzes pilnīgumu.
Pirms jaunā vestibila ar pelēka stikla un melna granīta fasādi priekšā ir dažādu laiku ēku ansamblis. Iekšpusē, ejot gar baltu kolonnu rindu, apmeklētājs nonāk milzīgā ātrijā, ap kuru koncentrējas izstāžu galerijas visos sešos stāvos. Gaismas tilti pie vestibila tālākās sienas savieno zāles dažādos līmeņos.
Vēlākie darbi atrodas 20. gadsimta mākslas zemākajos līmeņos, agrīnā beznosacījuma klasikā - augšpusē.
Kad apmeklētājs skatās uz leju no zāles augšējā līmeņa, viņš redz starp gaismu un it kā izšķīdina gaisa arhitektūrā nozīmīgākos konkrētā perioda darbus. Skatoties caur Taniguchi piebūves vienas fasādes stikla sienu, Rodena Balzaka un itāļu sporta automašīnas vienlaikus ir redzamas dažāda līmeņa galerijās.
Īpašu vietu muzeja ansamblī aizņem dārzs ar raudošiem bērziem un marmora tiltiem, kas atrodas aiz vestibila stikla sienas. Tas atrodas uz zemām terasēm, kas piešķir tai plašu sajūtu. Kopā ar jauno sešstāvu ēku dārzā atveras arī vecās ēkas, kurās tagad atrodas izglītības centrs, filmu bibliotēka un fotoarhīvs.
