Muzeju komplekss ir rekonstruēta 20. gadsimta sākuma elektrostacija, ķieģeļu konstrukcija ar neoklasicisma apmetuma apdari, kurā iestrādātas Libeskind raksturīgās kristāliskās formas. No ārpuses viņi lasīja kā kubiskus un iegarenus zilus nerūsējošā tērauda apjomus, kas izvirzīti no ēkas grīdām. Tie ir divu ebreju alfabēta burtu formā - "cepure" un "jods", kas kopā veido Libeskind projekta L'Chaim devīzi, kas nozīmē "uz dzīvību". Tomēr tie ir lasāmi tikai tad, ja paskatās uz ēku no augšas, kas parastam muzeja apmeklētājam nav pieejama.
Muzeja vestibilā siena pretī ieejai ir izklāta ar izceltām reljefa līnijām, kas veido vārdu "pardes", kas nozīmē "Ēdenes dārzs", un simbolizē arī četrus Toras izpratnes līmeņus. Bet arī šis projekta elements tiek uztverts ar grūtībām vestibila telpas aso līkumu dēļ.
Uz galvenā - kompleksa pirmā līmeņa - atrodas arī auditorija (uz kuras griestiem abstrakti attēlota Svētās zemes karte), izglītības centrs un galerijas. Otrajā stāvā atrodas administratīvās telpas, kā arī tāda paša nosaukuma izstāžu zāle, kas ierakstīta milzīgā burta "jods" kubā un izgaismota caur 36 daudzstūra logiem.
Pats Libeskinds uzsver atšķirību starp ēku Sanfrancisko un viņa ebreju muzejiem Vecajā pasaulē: Kalifornijas ēkai nav holokausta katastrofas zīmoga, kas obligāti atrodas viņa Eiropas projektos. Neskatoties uz to, Libeskind arhitektūras valoda ir palikusi nemainīga: asajām, pārrautajām līnijām, kas iepriekš simbolizēja vēsturisko traģēdiju, tagad vajadzētu attēlot Klusā okeāna piekrastē plaukstošu ebreju diasporas "debesu kabīnes".
